Als kleines Kind musste Afro Samurai die Ermordung seines Vaters mit ansehen, da der Gegner das Kopfband der Nummer eins auf Erden rauben wollte, wodurch dieser zu einer Art „Gott“ wurde. Nun als Erwachsener, ausgerüstet mit einem Samuraischwert und dem Kopfband der Nummer zwei, will Afro Samurai Rache nehmen. Doch auf dem langen Weg stellen sich ihm viele Gegner in den Weg, die ihm sein Kopfband entreißen wollen, um selbst als Nummer zwei zu gelten.