23. vek je. Zvezdani brod Federacije U.S.S. Enterprajz je na rutinskim manevrima obuke, a admiral Džejms T. Kirk izgleda rezigniran sa činjenicom da bi ova inspekcija mogla biti poslednja svemirska misija u njegovoj karijeri. Ali Khan se vratio. Uz pomoć svoje prognane grupe genetskih supermena, Kan - briljantni otpadnik Zemlje iz 20. veka - upao je u svemirsku stanicu Regula One, ukrao strogo tajni uređaj pod nazivom Project Genesis, preuzeo kontrolu nad drugim Zvezdanim brodom Federacije i krenuo u poteru za Enterprajzom, odlučan da ništa ne stane na put njegovoj misiji: ubiti admirala Kirka... čak i ako to znači univerzalni Armagedon.