Autrefois, les Hunters ont été divisés en deux groupes. Un côté Lumière et un côté Ténèbres. Chacun emprunta une voie différente. Plusieurs années plus tard, le côté des Ténèbres ressurgit et attaque Kirua et Kurapika. Ils ont la ferme intention d'exterminer tous les Hunters encore en activité. Ce groupe est mené par un certain Jed, un individu qui semble étroitement lié à Netero, le président de l'association des Hunters. Ainsi commence une véritable guerre opposant les Hunters à leur côté sombre...