13, une jeune assassine douée, est écartée de ses fonctions après avoir failli rater une mission. Elle fait alors la connaissance de Monji, un garçon qui a perdu sa mère à cause d'un syndicat du crime. Quand Monji disparaît, 13 est prête à tout détruire pour retrouver son seul ami… même si cela implique de trahir sa mentore et l'organisation qui l'emploie.