Austin Powers s’est très bien adapté aux années 90, mais le sinistre docteur Denfer rêve toujours de l’éliminer. Pour cela, il construit une machine à remonter le temps pour retourner en 1969 afin d’extraire la libido d’Austin Powers, son « mojo », tandis qu’il est congelé. Austin Powers, dépossédé de son pouvoir d’attraction, doit lui aussi remonter le temps afin d’affronter son ennemi mortel et récupérer son mojo.