W roku 2011 tajemnicza choroba zabija 99% ludności na Ziemi. Ci, którzy ocaleli jednoczą się pod władzą Kongresu Naukowego i budują miasto-państwo pod nazwą Bregna. Od świata zewnętrznego Bregna oddzielona jest wielkim murem. Życie toczy się tam spokojnie a ludzie czują się bezpiecznie. Ale każdy ideał ma swoją cenę. Z każdym rokiem coraz więcej mieszkańców Bregny znika w niewyjaśnionych okolicznościach - nikt nie zadaje pytań dlaczego? Aeon Flux (Charlize Theron), najlepsza agentka podziemnej organizacji rebeliantów pod nazwą 'Monican' zostaje wysłana przez swoja przełożoną Handler (Frances McDormand) na misję specjalną. Aeon ma zabić jednego z głównych członków Kongresu, Trevora Goodchilda (Marton Csokas). W czasie swojej misji Flux dowiaduje się, że nic nie jest takie na jakie wygląda.