Yakın gelecekte, Binbaşı Motoko Kusanagi türünün tek örneği olmuştur. Korkunç bir terör saldırısından kurtarılarak insan-cyborg hibriti halinde mükemmel bir asker olarak tekrar yaratılan Binbaşı, siber suçlarla mücadele eden bir ekip olan 9. Birim'in başındadır. Sıradaki görevi, Hanka Robotik şirketinin yapay zekaya dair çok önemli bilgilerinin çalınmasına engel olmaktır. Bu görevine hazırlanırken hayatı hakkında ona söylenen bir yalan açığa çıkar: Hayatı kurtarılmamış, “çalınmıştır”.